Tujuh tahun setelah peristiwa Prince of Persia: The Sands of Time, Pangeran mendapati dirinya diburu oleh Dahaka, wali dari timeline.
The Prince, setelah membuka Sands of Time dan datang ke dalam kontak dengan itu, dimaksudkan untuk mati sebagai orang lain sebelum dia telah; yang Dahaka dikirim untuk memastikan bahwa Pangeran tidak luput nasibnya. Mencari nasihat dari orang bijak tua, Pangeran belajar dari keberadaan Island of Time, di mana Sands of Time telah diciptakan, yang diperintah oleh Ratu timne. Pangeran menetapkan berlayar Pulau Timne untuk berusaha mencegah Sands of Time dari yang diciptakan, dengan mengadakan perjalanan mundur melalui waktu. Menjelajahi pulau, Pangeran menyelamatkan seorang wanita bernama Kaileena, dari seorang wanita bernama Shahdee, dalam proses perjalanan kembali melalui waktu dengan menggunakan portal. Tidak dapat grantthe audiensi dengan Pangeran Ratu of Time.